かつて二人の戦士“ミルフィーブランシュとミルフィーソレイユ”が、巨大な悪ダイボロスを封じ込めた。しかし、封印は長くは続かず、復活したダイボロスに二人は敗北。ブランシュは、ミルフィーナの力を失い、ソレイユは行方不明となってしまうのだった…中学生の浅倉純と大澄そらは、ある日通学途中に不思議な妖精たちと出会う。ぬいぐるみのように可愛らしい姿の妖精たちのいきなりの出現に驚く二人だったが、話を聞くと悪の化身ダイボロスに故郷を追われこの世界に逃げてきたという。同情する純とそらの前に突然悪の女幹部ダマックが現れる。妖精たちを渡せと言われる二人だが、妖精たちの故郷を襲った悪だと知った純とそらは、ダマックから妖精たち（クッキーとマーブル）を守ろうとする。ダマックは、攻撃を逃げ回る二人に苛立ち、悪の魔物シバクゾーを召喚する。純とそらは、必死に妖精たちを守ろうとするのだが圧倒的なシバクゾーのパワーに追い詰められていくしかなかった。そんな二人の心に戦士としての素質を感じたクッキーとマーブルは、純とそらに戦う力を与える。その力によってミルフィーナに変身した二人は、漲るパワーに戸惑いを隠せない。襲い掛かってくるシバクゾーを協力して倒す純とそら。恐ろしい魔物を自分たちの手で倒したハートとシエルは、歓喜し、この世界を守るために戦うことを決意するのだった。
