早川イユはあかつき教会でシスターとして働く女性。実は犯罪組織“ノワール”で戦闘エージェントとして訓練されていた過去を持ち、薬剤投与により、常人を遥かに上回る力、スピード、反射能力を持つ戦士、スカーレットエンジェルとなった。しかし組織を抜けたイユは恩人の烏丸神父と共にノワール壊滅のために活動する事に。そんなある日、ノワールの息のかかった暴力団地龍会のチンピラに襲われている山岡あずさを救出する。地龍会は大型パチンコ店建設のため、山岡あずさの営む工場の土地を手に入れようと画策していたのだ！イユの素性を調べた地龍会は山岡あずさを誘拐し、スカーレット・エンジェルと同じくノワールの戦闘エージェント、ドラゴンエンジェルを雇い、イユへ報復を開始する…。
